Mise à jour de la recherche génétique sur le mégaœsophage

La Fondation Fenway souhaite profiter de l'occasion pour informer le public des progrès réalisés à ce jour dans le cadre de nos recherches sur la transmission génétique du mégaœsophage chez le cheval frison. Nous nous sommes lancés dans ce projet en novembre 2020 à la demande du KFPS, en collaboration avec le Gluck Equine Center de l'Université du Kentucky et l'Université de Wageningen aux Pays-Bas. Notre objectif est le développement d'un test génétique qui aidera à prendre des décisions en matière d'élevage et, espérons-le, à éliminer avec le temps ce défaut génétique débilitant et parfois mortel chez nos chevaux, jeunes et vieux. À l'approche de la première année, nous voulions profiter de l'occasion pour vous informer de l'état d'avancement du projet.

 

Structure de l'étude de recherche

Après discussion avec l'équipe de recherche du Royaume-Uni, il a été décidé que le projet se concentrerait sur les chevaux candidats avec un ensemble de paramètres très stricts, en particulier les chevaux frisons qui ont présenté un mégaœsophage en tant que poulains ou les jeunes chevaux (<5 ans) avec un diagnostic clinique (endoscopie œsophagienne ou étude de la déglutition au baryum). En limitant notre étude aux poulains et aux jeunes chevaux, notre objectif était d'étudier la forme héréditaire (congénitale) du mégaœsophage par rapport à la forme acquise de la maladie qui ne se manifeste généralement pas avant que le cheval ne soit plus âgé. L'équipe de recherche a déterminé que la meilleure approche de l'étude consistait à analyser les groupes familiaux sur la base d'échantillons sanguins d'ADN d'un poulain atteint de mégaœsophage, de ses parents et de ses frères et sœurs.

 

De nombreux mois ont été consacrés à l'identification des poulains et de leurs groupes familiaux et cette phase initiale du projet a sans aucun doute été la plus difficile. Une fois qu'un poulain a été identifié et que son diagnostic clinique a été confirmé, il a fallu beaucoup de temps pour retrouver les propriétaires des parents et des frères et sœurs et s'assurer de leur soutien au projet. Si de nombreux propriétaires se sont montrés très favorables à notre recherche, certains propriétaires d'étalons et de frères et sœurs n'ont malheureusement pas souhaité participer. Une fois le soutien obtenu, nous avons attendu des semaines, voire des mois dans de nombreux cas, pour que les échantillons de sang arrivent à l'université du Kentucky.

 

Lorsqu'un échantillon arrive au laboratoire, l'équipe extrait le profil ADN de chaque échantillon sanguin. Le profil d'ADN est ensuite envoyé pour le séquençage du génome, un processus qui identifie l'ordre des quatre éléments chimiques, appelés "bases", qui composent une molécule d'ADN. La "séquence" qui en résulte révèle le type d'informations génétiques contenues dans un segment particulier d'ADN. Les chercheurs comparent ensuite de grandes portions d'ADN provenant de différents chevaux à une référence en les soumettant à des modèles informatiques qui recherchent différentes versions des gènes, appelées variantes. En identifiant correctement la (ou les) variante(s) unique(s) à l'origine du mégaœsophage, les chercheurs peuvent alors travailler à la mise au point d'un test génétique pour cette maladie.

 

Progrès réalisés à ce jour
En mai 2021, l'ADN du premier groupe familial a été séquencé et aligné sur la séquence de référence du cheval (EquCab 3.0). Ensuite, l'équipe de recherche a exécuté un programme d'appel de variants sur ces données, basé sur un mode d'hérédité récessif (porteurs hétérozygotes, animaux affectés homozygotes). Cette première analyse a permis d'identifier environ 65 000 variantes possibles pouvant être à l'origine du mégaœsophage.

En juillet 2021, d'autres groupes familiaux ont été séquencés et alignés sur la référence, ce qui a permis de réduire le nombre de variantes possibles à 969, couvrant 135 gènes différents. L'analyse des variantes potentielles est actuellement en cours. Cependant, il s'agit encore d'un grand nombre de variantes à trier. Chaque groupe familial ajouté à l'étude réduira davantage le nombre de variantes possibles pour le mégaœsophage.

 

Jusqu'à présent, l'analyse a permis d'identifier une variante particulièrement intéressante, car il s'agit d'une insertion significative qui suit le schéma héréditaire prédit pour le mégaœsophage.

Toutefois, en raison de sa nature, cette variante est complexe à analyser et l'équipe de recherche en est aux premières étapes du reséquençage de cette région. Il est prématuré de se concentrer sur cette variante, car il peut s'agir simplement d'une variante présente dans la race frisonne, mais cette question fera l'objet d'une étude approfondie.
Comment vous pouvez aider

 

Participer

Pour faire progresser nos recherches à un rythme suffisant, nous devons ajouter d'autres groupes familiaux à l'étude. Cela nous aidera à réduire le nombre de variantes possibles à étudier et nous indiquera si la variante actuellement à l'étude mentionnée ci-dessus est toujours intéressante. Le sevrage commencera bientôt cet automne, et c'est le moment le plus fréquent où les poulains atteints de mégaoesophage présentent pour la première fois des symptômes d'étouffement. Si vous avez connaissance de poulains atteints de mégaœsophage, veuillez encourager les propriétaires à contacter la Fenway Foundation for Friesian Horses.

 

En outre, si vous êtes contacté en tant que propriétaire d'un étalon, d'une jument ou d'un frère ou d'une sœur et que l'on demande à votre cheval de donner un échantillon de sang pour aider à former un groupe familial pour l'étude, n'hésitez pas à participer ! L'identité et les pedigrees des chevaux concernés resteront strictement confidentiels et n'apparaîtront pas dans une publication ultérieure de cette recherche. Plus nous mettrons de temps à fournir un nombre suffisant de groupes familiaux pour l'étude, plus nous serons éloignés de la mise au point d'un test génétique pour le mégaoesophage. Cela signifie que davantage de chevaux peuvent souffrir inutilement de cette terrible maladie.

 

Faire un don

Nous aimerions que la communauté frisonne s'unisse et soutienne ce projet avec beaucoup d'enthousiasme. Chaque dollar que vous pouvez apporter compte vraiment ! La recherche génétique n'est pas une entreprise bon marché et pour chaque cheval que nous ajoutons à l'étude, nos coûts pour l'extraction de l'ADN et le séquençage du génome s'élèvent à $730. À ce jour, plus de 20 chevaux ont participé à l'étude. Les frais de remboursement des propriétaires pour la collecte et l'expédition des échantillons et tous les frais de recherche que nous encourons constituent un coût supplémentaire pour le projet.

 

Nous souhaitons remercier FHANA pour sa généreuse donation au projet et les personnes qui ont fait des dons jusqu'à présent. En outre, nous sommes incroyablement reconnaissants aux propriétaires de chevaux qui ont participé à l'étude - nous n'aurions pas pu aller aussi loin sans votre soutien !

 

Pour faire un don au Fonds de recherche génétique sur le mégaoesophage frison, veuillez cliquer sur le lien suivant : https://yahoo.harnessapp.com/wv2/campaign/3053

 

Plus d'informations

 

Pour en savoir plus sur le mégaœsophage, veuillez consulter le lien suivant :  https://www.fenwayfoundation.com/wp-content/uploads/2021/07/Julypage44-52lowres-1.pdf

 

Pour obtenir de l'aide et le soutien de la communauté pour les chevaux atteints de mégaoesophage, veuillez rejoindre notre groupe Facebook : https://www.facebook.com/groups/821418031984144/